1. Về chính sách thuế đối với sản phẩm nông nghiệp

- Quy định tại Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 (đã được sửa đổi, bổ sung theo Luật số 149/2025/QH15):

+ Tại khoản 1 Điều 5 quy định đối tượng không chịu thuế như sau: “1. Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu. Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.”

+ Tại điểm d khoản 2 Điều 9 quy định thuế suất 5% như sau: “d) Sản phẩm cây trồng, rừng trồng (trừ gỗ, măng), chăn nuôi, thuỷ sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, trừ sản phẩm quy định tại khoản 1 Điều 5 của Luật này;”

+ Tại khoản 3 Điều 9 quy định thuế suất 10% như sau: “3. Mức thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không quy định tại khoản 1 và khoản 2 Điều này, bao gồm cả dịch vụ được các nhà cung cấp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam cung cấp cho tổ chức, cá nhân tại Việt Nam qua kênh thương mại điện tử và các nền tảng số.”

- Quy định tại Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025 của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP ngày 31/12/2025 của Chính phủ) quy định như sau:

+ Tại khoản 1 Điều 4 quy định đối tượng không chịu thuế bao gồm:

 “1. Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu. Trong đó, các sản phẩm chỉ qua sơ chế thông thường là các sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, xay xát, xay vỡ mảnh, nghiền vỡ mảnh, xay bỏ vỏ, xát bỏ vỏ, tách hạt, tách cọng, cắt, xay, đánh bóng hạt, hồ hạt, chia tách ra từng phần, bỏ xương, băm, lột da, nghiền, cán mỏng, ướp muối, đóng hộp kín khí, bảo quản lạnh (ướp lạnh, đông lạnh), bảo quản bằng khí sunfuro, bảo quản theo phương thức cho hóa chất để tránh thối rữa, ngâm trong dung dịch lưu huỳnh hoặc ngâm trong dung dịch bảo quản khác và các hình thức bảo quản thông thường khác.

Trường hợp không xác định được thì Bộ Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm căn cứ vào quy trình sản xuất sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt do người nộp thuế cung cấp để xác định là sản phẩm chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu theo quy định của pháp luật.

1b. Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng nhưng được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào.

Trong đó:

a) Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại thì không phải kê khai, tính nộp thuế giá trị gia tăng.

b) Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng như hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải tính thuế giá trị gia tăng theo mức thuế suất 5% quy định tại khoản 3 Điều 19 Nghị định này.

c) Hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh, doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và tổ chức kinh tế khác nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp khi bán sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại thì tính thuế giá trị gia tăng phải nộp theo doanh thu bằng 1% (tỷ lệ %) nhân với doanh thu.”

+ Tại khoản 3 Điều 19 quy định đối tượng chịu thuế suất 5% bao gồm: “Sản phẩm cây trồng, rừng trồng (trừ gỗ, măng), chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, trừ sản phẩm quy định tạikhoản 1 Điều 4 của Nghị định này.”

Tại khoản 1 Điều 2 Nghị định số 359/2025/NĐ-CP quy định: “1. Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.”

Đề nghị độc giả Lê Thị Ánh Ngọc nghiên cứu quy định nêu trên để thực hiện theo quy định của pháp luật.

2. Quy định về khấu trừ, hoàn thuế GTGT

Tại khoản 1 Điều 11 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 quy định:

“1. Phương pháp khấu trừ thuế được quy định như sau:

a) Số thuế giá trị gia tăng phải nộp theo phương pháp khấu trừ thuế bằng số thuế giá trị gia tăng đầu ra trừ số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ;

b) Số thuế giá trị gia tăng đầu ra bằng tổng số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng.

Thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ bán ra ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng bằng giá tính thuế của hàng hóa, dịch vụ chịu thuế bán ra nhân với thuế suất thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đó.

Trường hợp sử dụng hóa đơn ghi giá thanh toán là giá đã có thuế giá trị gia tăng thì thuế giá trị gia tăng đầu ra được xác định bằng giá thanh toán trừ giá tính thuế giá trị gia tăng xác định theo quy định tại điểm k khoản 1 Điều 7 của Luật này;

c) Số thuế giá trị gia tăng đầu vào được khấu trừ bằng tổng số thuế giá trị gia tăng ghi trên hóa đơn giá trị gia tăng mua hàng hóa, dịch vụ, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng của hàng hóa nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế đối với trường hợp mua dịch vụ quy định tại khoản 3, khoản 4 Điều 4 của Luật này và đáp ứng điều kiện quy định tại Điều 14 của Luật này.”

Tại khoản 1, khoản 2, khoản 3, khoản 4 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 quy định cơ sở kinh doanh được hoàn thuế GTGT trong các trường hợp: (i) Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên; (ii) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế; (iii) Cơ sở kinh doanh chỉ sản xuất hàng hóa, cung cấp dịch vụ chịu thuế suất thuế giá trị gia tăng 5% nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng liên tục hoặc 04 quý liên tục; (iv) Cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế giá trị gia tăng khi giải thể, phá sản có số thuế giá trị gia tăng nộp thừa hoặc số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ hết.

Tại khoản 2 Điều 9 Luật Thuế TNDN số 67/2025/QH15 quy định:

“2. Các khoản chi không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế bao gồm:

…

l) Phần thuế giá trị gia tăng đầu vào đã được khấu trừ; thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ; thuế giá trị gia tăng đầu vào của phần giá trị xe ô tô chở người từ 09 chỗ ngồi trở xuống vượt mức do Chính phủ quy định; thuế thu nhập doanh nghiệp; các khoản thuế, phí, lệ phí, thu khác không được tính vào chi phí theo quy định của pháp luật và tiền chậm nộp theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

Phần thuế giá trị gia tăng nộp theo phương pháp khấu trừ quy định tại điểm này không bao gồm phần thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ đầu vào có liên quan trực tiếp đến sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp chưa được khấu trừ hết nhưng không thuộc trường hợp hoàn thuế.

Số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi đã được tính vào chi phí được trừ thì không được khấu trừ với số thuế giá trị gia tăng đầu ra;”

Đề nghị độc giả Lê Thị Ánh Ngọc nghiên cứu quy định nêu trên để thực hiện theo quy định của pháp luật.